Жалоба подается в вышестоящий налоговый орган, но через налоговый орган, чьи документы, действия/бездействия обжалуются.
То есть жалоба направляется в адрес налогового органа, вынесшего оспариваемый документ, совершившего оспариваемое действие или допустившего неправомерное бездействие, и именно он направит ее в вышестоящий налоговый орган.
При получении жалобы налоговый орган, акт ненормативного характера, действия или бездействие должностных лиц которого обжалуются, обязан принять меры по устранению нарушения прав лица, подавшего жалобу. (п. 1.1 ст. 139 НК РФ).